A ver...
... te voy a intentar explicar la norma general...
... la prestación de maternidad se calcula sobre la base de cotización del mes anterior a la baja. La base de cotización a la SS está formada por todos los conceptos salariales más la prorrata de las pagas extras (por ejemplo, el plus de transporte, las dietas, son conceptos no salariales- no retribuyen el trabajo en sí- y no se incluyen en la base de cotización.) Es decir, si tú cobras 1000 al mes , más dos pagas extras, tu base de cotización es de 1166,67 .
¿qué pasa si vienes de una situación de baja por IT? la regla general, es que durante una baja de IT por enfermedad común, durante los 3 primeros días no cobras nada, hasta el día 20 cobras el 60% de la base de cotización, y a partir de ahí el 75%. Entonces, si inmediatamente coges el permiso de maternidad, como se calcula sobre la base de cotización del mes anterior, efectivamente cobrarás menos. Lo que ocurre, es que a pesar de que esa es la regla general, la mayoría de los convenios en las empresas incluyen una mejora de la prestación por IT, que consiste en que la empresa completa ese 60% o 75% hasta el 100 %, con lo cual, cuando te coges la baja por maternidad, da igual que hayas estado de baja porque la base de cotización del mes anterior ha sido del 100%.
En cuanto a las pagas extras, como ya he dicho la prestación de maternidad se calcula sobre la base de cotización del mes anterior que ya lleva las pagas extras prorrateadas, con lo cual, ahí estás cobrando la paga extra prorrateada esas 16 semanas. Por el resto del tiempo, es la empresa la que te ingresa la parte proporcional. Es decir, imagínate que en tu empresa las pagas extras se devengan semestralmente de Enero a Junio, y tú has tenido a tu bebé el 1 de Abril. Pues del 1 de Abril hasta que te dure la baja de maternidad, cobrarás la paga prorrateada. Cuando llegue JUnio además, tu empresa te pagará la parte proporcional de la paga extra por los meses que has estado de alta (en el ejemplo de antes, cobrarías 500 euros porque serían 3 meses de 6).
Vaya rollazo que te he soltado pero es que el tema es complicado y además difícil de explicar si no es en persona. Espero que lo tengas más claro ahora.