Pero ¿la mutua te ha dado ya la confirmación del día en el que empieza tu baja? Si no es así, me imagino que estarás de baja por la seguridad social y en ese caso, al estar en trámite aún tu baja por la mutua, te la pueden denegar...
En cualquier caso, el único sitio donde te van a poder resolver esta duda es en la misma mutua. ¿Porqué no les llamas a ver que te dicen?