Colecho, lactancia y caries en bebe de 17 meses...

Hola mamis, siempre he leído el foro pero primera vez que escribo para contaros algo que me preocupa mucho y pedir vuestros consejos..
Soy mamá de un bebe tiene 17 meses y además de colechar seguimos con la lactancia materna y nos encanta, lamentablemente hemos descubiertos caries en los dientecitos de arriba, al principio fueron manchitas blancas, que le salieron cuando era muy peque tenia al rededor de 10 meses, lo consulte con su pediatra y me dijo que eran manchas de esmalte y que era muy normal en los niños, nunca menciono que podían ser caries ... con el paso del tiempo se le hizo una manchita marrón y comenzó a cavitarse un dientecito...
Lo llevamos con el odontopediatra hace diez días y como era de esperarse me dijo que era culpa de la teta y le mando cepillados con flúor y antes de ir a dormir pasarle con una gasa húmeda con enjuague bucal con flúor... Por supuesto me dijo que si no le quitaba la teta esto iba a empeorar y que era muy peligroso.
Y la verdad que estoy muy triste porque no se que es lo que debo hacer, se que la lactancia materna no produce caries, pero según el odontopediatra es porque se queda dormido con la teta en la boca...y si no se la quito esto empeorará... Yo no me siento capaz de quitarle la teta todavía a mi bebe porque a los dos nos encanta, el no sabe dormirse de otra forma y despierta una media de diez veces por noches para tomar su tetita. Tampoco nunca ha cogido el bibi, ni el chupete...Quiero saber si alguna de vosotras paso por algo similar y que es lo que habéis hecho...
Por otro lado también me preocupa el uso del flúor porque es muy pequeño y obviamente no sabe enjuagarse... vamos que no se que hacer y que decisión tomar!!! Que harian en mi lugar?? Gracias!!