Buenos días
Si la subrogación la hacen bien, conservándote todos tus derechos, antigüedad, categoría, puesto de trabajo, funciones, etc. no hay ningún problema en que lo hagan, estés o no de baja, tanto por enfermedad común como por maternidad. Si estás de baja, lo lógico es que envíen los documentos a firmar por mensajería o correo certificado.
Eso sí, antes de firmar nada, mira bien que te conserven todos tus derechos y sino acude a un sindicato, pero vamos, en principio no tiene por qué haber nada ilegal o raro. Simplemente puede ser un cambio organizativo en la empresa, sin más.
Un saludo.