Puede ser
Uno de los signos de la intolerancia a la lactosa pueden ser los vómitos, aunque es raro que no haya diarrea. ¿Flotan las heces en el agua? Porque también es muy típico aunque no haya diarrea.
Lo que está claro es que al cambiarle la leche "se curó". Por tanto, yo voto a favor de la intolerancia a la lactosa (quizá empezó con una gastroenteritis, como mi niño).
Mucha suerte!