Necesito ayuda urgente.

Hola, todo el mes de Abril 2017 no me aplique la inyección anticonceptiva y tuve relaciones sexuales sin protección de ningún tipo, mi periodo no siempre ha sido regular y por eso tengo una aplicación que me ayuda a llevar el conteo, más o menos mi ciclo es de 29 días pero ya el periodo va 11 días retrasado entonces me hice una prueba de embarazo y salió negativa  igual ayer (En Colombia: 9 de Mayo) me salió un pequeño flujo marrón oscuro, no fue mucho, estaba esperando a ver si me bajaba el periodo pero nada, entonces no sé que hacer.
¿Debería hacerme otra prueba? ¿Por qué no me baja si dice que no estoy embarazada?