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Por su actividad farmacológica las hierbas medicinales podrían interaccionar con fármacos convencionales, La mayoría de las interacciones entre hierbas y fármacos que afectan a la absorción lo hacen reduciendo los niveles del fármaco, bien sea por alteración del
ph digestivo, afectando la motilidad o por la formación
de complejos no absorbibles. El metabolismo de fármacos es el mecanismo más importante de interacciones y una buena muestra de ello son los fármacos que ven afectados sus niveles cuando se administran conjuntamente con hipérico, un inductor del citocromo P450. Pacientes con afecciones renales pueden acumular fármacos que se eliminan por excreción renal y hierbas con propiedades diuréticas supuestamente acelerarían la excreción, al igual que las que pueden alterar el ph urinario podrían influir en las concentraciones urinarias de fármacos que son ácidos o bases débiles.
El problema es que no se han hecho suficientes estudios comparativos para saber que plantas interctuan con que medicamentos, la valeriana por ejemplo no se debería utilizar paralelamente con barbitúricos pues pueden ocurrir reacciones de sedación excesiva, pero no se ha comprobado su intección con los anticonceptivos.