Si tu amiga tiene un quiste en un ovario, está embarazada y quiere abortar, lo mejor es que consulte con un prefesional para que el tratamiento afecte lo más mínimo a la salud de su aparato reproductor. Por que normalmente, las pastillas abortivas son literlamente BOMBAS de hormonas.
Supongo que con tu pregunta "¿A cual afectaría ?" te refieres a qué ovario afectaría si tomna esas pastillas para lograr el aborto. La respuesta: A LOS DOS OVARIOS.
Por ello, en su situación, lo más aconsejable es acudir al médico o ginecólogo.