Hola
Bueno para empezar creo que tendrías que decir cuando te empezó la regla y cuanto tiempo dura aproximadamente tu ciclo normalmente para saber mas o menos en que fechas son tus días fertiles si es que eres regular, como estaban usando preservativo y dices que no salía semen del condon dudo que haya entrado algo de eso a tu cuerpo, y es normal que hayan cambios en el moco cervical en la mujer, dependiendo del día en el que te encuentres cambia por ejemplo días antes de la ovulación puede haber un liquido espeso como dijiste y cuando estas ovulando suele ser súper transparente y muy viscoso, incluso a veces antes de que llegue tu periodo de nuevo sale un liquido muy transparente y que parece agua.
Otra cosa sobre el flujo marrón que tuviste puede ser por muchas razones a veces hasta por las pequeñas lesiones en la vagina que provoca la fricción con el pene, también puede ser tu ovulación que llega a presentarse así, no es comun pero puede ser y a veces es también porque tu cuerpo se esta acostumbrando a tener un cuerpo nuevo dentro de el y son ajustes que se hacen. No te asustes y espérate unas dos semanas para hacerte una prueba. Suerte