Te voy a dar mi opinión
Siendo funcionaria y estando en todo tu derecho, yo no pensaría ahora en lo que vayan a pensar o hacer tus compañeros. Ellos harían lo mismo si estuvieran en tu caso. Si fuera otro tipo de empresa, podrías pensar que sin estar tú, alguien tendría que hacer tu trabajo, a mayores del suyo, pero siendo funcionaria no es el caso, te habrán puesto un sustituto, y tan contentos. Sobre todo los de las listas de sustituciones, jeje.
Así que sigue con tus planes y disfruta del embarazo. Al menos, eso haría yo. Vas a tener bastante trabajo ya con dos peques tan seguiditos, te lo digo yo que los tengo...
Un saludo.