La pastilla anticonceptiva y el flujo marron

Hola chicas miren tengo una duda, resulta que hace 11 dias que estoy tomando las pastillas anticonceptivas isis mini las tome el primer dia de mi periodo sin ningún olvido a la misma hora pero despues de terminar mi periodo segui con un flujo marron y aun lo tengo aun asi tuve relaciones sin protección y con ese flujo ¿hay riesgos de embarazo? ¿ese flujo significa que la pastilla no esta funcionando bien? ayuda soy primeriza en esto