Es dificil que hayas quedado embarazada si el condón no se rompió, solo hay problema si tuvieron juegos previos... pero si te ha llegado normal no debes preocuparte. De todas formas si estás muy preocupada, hazte un test de embarazo, no pierdes nada... lo compras y te lo haces en el baño del colegio para que no te pillen tus viejos recuerda hacerlo con la primer orina de la mañana para que estés 100% segura.
En cuanto a los dolores de cabeza, es común que pase en la adolescencia, además recuerdas que estás bajo estrés por el ritmo de estudio, lo que igual acarrea dolores de cabeza e irregularidad en el periodo menstrual, en cuanto a la hinchazón, puede ser también por un tema de estrés y colon irritable...
Te aconcejo te hagas el test y luego vayas a médico y consultes por el colon y tus dolores de cabeza