Sí, pierdes la ayuda.
Hola!! Sientiéndolo mucho, tengo que decirte que estás en lo cierto: si solicitas una excedencia, pierdes la ayuda mensual de los 100 euros. Yo soy funcionaria también, compacté todos los permisos que pude, y además las vacaciones, pero decidí, igualmente, solicitar la excedencia por cuidado de hijo menor de tres años.
Como la ayuda de los 100 euros que da Hacienda es para madres trabajadoras, en el momento en que solicitas la excedencia, dejas de trabajar, por lo tanto, te quedas sin la ayuda. Si no recuerdo mal, recibí una comunicación de Hacienda, conforme tenían constancia de mi cambio de situación laboral y que, por ello, la ayuda se suspendía. Cuando te reincorpores, si tu hija sigue teniendo menos de tres años, podrás reanudar la ayuda.
Sobre si puedes pedirte la excedencia siendo interina, más vale que lo consultes con el departamento de personal, a ver qué te dicen.
Espero haber sido de ayuda.
Saludos!