Hola
La dificultad que tiene tu hijo es normalísima , si te paras a pensarlo un momento el movimiento que hacemos con la lengua al hacer el sonido de la r es muy complicado , por lo que hay bastantes niños que tienen este problemilla,por que es eso , un problema muy pequeñito.Comentas que tu hijo aprendió a hablar tarde , por lo que al llevar un leve retraso le queda un fonema ( la r) que es el que siempre se aprende más tarde.
Mi opinión sin saber más datos: A tu hijo le falta práctica , me explico , hay fonemas( sonidos)que no los pronuncian por falta de discriminación auditiva , por una mala configuración de los órganos de la boca( lengua , paladares más hundidos , dientes , etc,etc...)o simplemente por que no coloca bien la lengua al decir la r,esto último es lo más probable en tu hijo.Puede que el niño a base de su lenguaje diario lo termine adquiriendo, además como dices sustituye r por dr , esto es buena señal por que se acerca mucho más a la r que si lo sustituyera por una g ( pego en vez de perro).
Esto con tratamiento tiene un diagnóstico muy bueno y en general muy rápido,si quieres espera hasta el 1 trimestre del año que viene, yo no me retrasaría más si no se le ha solucionado por si solo.Puedo darte unos ejercicios sencillitos para que tu practiques con él en casa,son movimientos con la lengua y la boca que le pueden hacer mejorar o ayudarle en el proceso.Déjame tu e-mail y te los mando.
Y no te preocupes que no es nada!!Un saludo