No exactamente..
No se puede bautizar en cualquier iglesia porque no todas las iglesias son parroquias, el bautizo tiene que ser obligatoriamente en una parroquia entre otras cosas porque en las demás iglesias no hay pila bautismal. No tiene por qué ser en tu parroquia, puede ser en cualquier otra, pero hay curas que se niegan y te dicen que lo tienes que bautizar en tu parroquia (son así, qué le vamos a hacer) y hay otros que no te ponen trabas de ningún tipo...
Si la iglesia donde te casate es una parroquia seguro que no tienes problemas y si el cura se "pone tonto" tócale la fibra sensible diciendo que allí te casaste y que tu boda fue maravillosa y tu matrimonio aún mejor que quieres que tu hijo se bautice allí y bla bla bla (tú sabes, esas cosas que les gustan a los curas) y seguro que lo consigues.
Espero haberte ayudado y que el bautizo vaya bien!