El mismo problema tuve con mi hijo de dos años y medio...
El pediatra me dijo que primero teniamos que armarle su horario de comidas...por ejemplo a las 7 am. su leche a las 10 un jugo de fruta a las 12pm su almuerzo a las 4pm mazamorra y a las 6pm su cena...no come sentado en su silla, la unica forma de que coma es jugando con él, y poco a poco vas aumentando las raciones de comidas...y no hay que decirle tanto come, come porque al final estamos haciendo que ese momento sea desagrable, es mejor distraerlos...espero que te ayude con tu hijo, se lo que pasas es bien dificil...