Yo pienso...
Durante el embarazo las mujeres estamos muy sensibles, tal vez fue algo mínimo que hiciste y ella lo tomó muy a pecho. Además es peor los primeros meses porque una se siente muy mal, con náuseas, vómitos, en este caso tal vez hasta depresión. El periodo en el que te dan náuseas (los primeros 3 o 4 meses) también se puede sentir ese rechazo ante personas y/o situaciones, en este caso es en contra tuya. Yo por ejemplo los primeros cuatro meses del embarazo no desee para nada las relaciones sexuales con mi esposo, en otros aspectos no lo rechazaba pero simplemente no quería ni siquiera oír hablar de sexo, me daban náuseas. Yo te recomiendo que le tengas mucha paciencia, sobre todo estos primeros 3 o 4 meses, llámala sólo para saber cómo está, que sienta que no te has desentendido de ella, y pasando esta etapa, o antes si ella acepta invítala a que busque ayuda profesional, es super importante que un profesional les ayude a superar esto, porque he sabido de dos matrimonios que se deshacen por algo así, yo sé que para tí es muy cansado y muy desgastante estar rogando, pidiendo hasta perdón por cosas que ni has hecho, pero ten paciencia, y busquen ayuda. Mis mejores deseos.