Te oriento un poco...
Depende de muchos factores:
1 Expediente académico de tu hijo, si va a trancas y barrancas o por el contrario destaca por su trabajo y esfuerzo diario. Si fuese la primera opción yo no le cambiaría. Si por es contrario se trata de un chico responsable y trabajador, la opción del instituto me parece muy acertada. Como tu bien dices se preparan bien de cara a la universidad, aprenden a manejarse por si solos y se trabajan los contenidos de otro modo.
2 No conozco de primera mano cual es el nivel académico de la Escuela Rosalía de Castro en bachillerato, pero tiene muy buena fama en el resto de niveles. Si no lo cambias tiene de ventaja que ya sabe como funciona le colegio, cual es el grado de exigencia, en fin, todo le resulta conocido. Deberías de consultarlo quizás con él, supongo que debe de ser quién tenga la última palabra.
3 Si decidieseis optar por el bachillerato en un instituto, recuerda que los del centro están más masificados, dependerá de vuestro domicilio para poder optar a ellos si estáis en zona de influencia, en el edificio de la Xunta teneis un plano con las zonas. Los intitutos de las afueras, como Valentín Paz Andrade, Ricardo Mella, Carlos Casares... tienen menos alumnado con lo cual el trato es más individualizado. Gozan de muy buena fama los institutos Rosais 2 y ahora El Castro que cuenta con el bachillerato internacional. Santo Tomé también es un buen instituto pero está más masificado.