Ha perdido peso?
Los mocos en la caca puede deberse a intolerancia/ alergias , ya que como comentas no está con flemas ni resfriado, que también es por lo que podría expulsarlas.
Yo le llevaría a su pediatra para que valore esas posibilidades. Mientras tanto, intenta eliminar de tu dieta derivados de la proteína de vaca por ver si mejora, te lo comento porque mi hijo ahora antes alérgico , ahora intolerante a la proteína de vaca empezó como tú bebé, solo que antes ( al mes de nacido)
El glutén es otra posibilidad, pero si como comentas solo está con lactancia , no cuadra mucho.
Espero mejore y que solo sea un virus.